「ミトコンドリアDNAによって表される純粋な母系とY染色体によって表される純粋な父系」では限界があり、、全ゲノムを分析する必要がある。
ミトコンドリアDNAによって辿ることができる過去は約16万年前までであるが、それ以外の大部分のゲノムを解析すれば100〜500万年前にまで遡ることができる。
人類が進化の樹形図のように枝分れして進化してきたのではなく、現世人類を含む様々な人類がお互いに交雑を繰り返して現世人類に至っている。
たとえば、ホモ・サピエンスの祖先が継続してアフリカにいたわけではなく、ユーラシアでかなりの期間を過ごしてからアフリカに戻った。
一方、二つの集団が十分に長く隔てられていると、交雑で生まれた子の生殖能力が低下する。このため、ネアンデルタール人由来DNAは自然選択によって、現生人類に残らない。
「ゴースト集団」
考古学的証拠見つかっていないものの、のちの人々への遺伝的学的寄与からその実在が確認された未知の人類集団。
デニソワ人、ネアンデルタール人とアフリカ人の遺伝的距離を調べると、現生人類に至る系統から90〜140万年前に分離した謎の集団がデニソワ人と交配していたことが示された。
